Im Nordwald – „SILVA NORTICA“ -, wie das Waldviertel in alten Urkunden genannt wird, erhielten die Herren von Kuenring, ein aus Bayern stammendes Geschlecht, bereits im elften Jahrhundert größere Gebiete zur Rodung und Besiedlung als königliche Schenkung verliehen. Rapoto von Kuenring, in Urkunden aus den Jahren 1157 und 1176 erstmals erwähnt, ist als Erbauer und Namensgeber der Burg zu betrachten. (Sein Vorfahre Hadmar I. gründete 1137 das Kloster Zwettl.) Nach kaum mehr als 150 Jahren verloren die Herren von Kuenring Rappottenstein und starben in der Verbannung, da sie sich mit König Ottokar von Böhmen gegen Rudolf von Habsburg verbündet hatten.

Nach dem Sturz der Kuenringer kam die Burg
1305 an die Herren von Dachsberg,
1423 an die Herren von Starhemberg und
1546 an die Herren von Landau.
Im Jahre 1664 hat Ernst Reichsgraf von Abensperg und Traun Rappottenstein käuflich erworben. Die Burg mit dem dazugehörigen Gut ist somit seit mehr als 350 Jahren bis zum heutigen Tage ununterbrochen Eigentum der Grafen von Abensperg und Traun.